Le personnage est présenté comme un tenant du libertinage dont le principe matérialiste cherche à tout ramener à la matière : "Je crois que 2 et 2font 4" (mais la présentation de la formule sous forme de boutade lui ôte de son crédit). Il refuse le surnaturel et recherche constamment les explications naturelles, par un recours à la logique de la nature qui lui fait même souhaiter, par exemple, la mort de son père. Il refuse les valeurs morales couramment admises, par certitude de l'inanité des éléments subjectifs.

En conséquence directe vient le refus de Dieu : tout est matière, donc Dieu n'existe pas. La question est largement abordée dans la pièce.

Dom Juan refuse toute croyance qui ne peut pas être contrôlée de manière précise. Il refuse également les superstitions, qui sont du domaine de l'apparence : le Loup garou (I 1), les apparitions (III 5 ; IV 1,7, 8 ; V 4, 5).

Il s'oppose à toutes les idées reçues de la religion, enfer, diable, vie éternelle : cf. I 1 :

"un chien, un diable, un turc, un hérétique, qui ne croit ni ciel ni enfer."

Dom Juan ne tient compte que des faits objectifs : ainsi, la misère du pauvre lui sert d'argument pour nier Dieu, qui ne s'exprime pas assez clairement ! Cf. V 4 :

"Si le ciel me donne un avis, il faut qu'il parle un peu plus clairement s'il veut que je l'entende."

Un déni analogue s'exerce vis-à-vis de la médecine, en vertu du même principe : les médecins, comme la religion, s'attribuent les mérites de phénomènes qui leur échappent.

La religion est le meilleur moyen d'être en paix avec la société : elle sert de prétexte pour justifier les actions les plus injustifiables (cf. la cabale des dévots.). Cf. V 2 : l'art de la fausse piété.

De la part de Molière, c'est une démolition habile de la fausse dévotion dont la société accepte sans rechigner des attitudes et des démarches rigoureusement opposées à celles qui devraient être les siennes.

Dom Juan met ce principe en application en copiant son expression sur le style de l'église :

- I 3 : justification de son départ vis-à-vis d'Elvire ;

- V 1 : la parodie de la conversion ;

- V 3 : le ton mielleux vis-à-vis de Dom Carlos. Le leitmotiv de la religion, pour opposer une fin de non-recevoir.

Dom Juan n'est pas indifférent : il prend trop de plaisir à ces parodies et connaît trop le vocabulaire et le ton à adopter pour faire croire qu'il est indifférent : la religion le préoccupe.

Il n'est pas totalement athée, donc et mène un véritable combat "d'homme à homme" contre Dieu qui représente un obstacle à son épanouissement, une borne à sa volonté de puissance. Plutôt que d'indifférence (ce qu'il éprouverait s'il était convaincu de l'inexistence de Dieu), on peut parler d'exaspération à son sujet : cf. le terme "enragé", I 1.

Dom Juan profite par conséquent de la vie en reculant l'échéance d'une conversion éventuelle. Il attend une réponse, un signe de Dieu.

Son combat s'exerce également contre la religion, à qui il reproche de réclamer une adhésion sans condition, une soumission aveugle fondée sur le rejet de la raison et aliénante pour l'homme.

Il se prête à une interprétation anthropomorphique de Dieu (intérêt, indifférence, reconnaissance, sont des sentiments humains et non divins) : Dieu doit se révéler au niveau terrestre pour qu'on puisse le combattre.

Pour le provoquer, il se livre donc à des actes et des propos blasphématoires : il le met au défi de l'accabler de la punition qu'il mérite : cf. I 2 : "C'est une affaire entre le Ciel et moi." Au cours de ses conquêtes amoureuses, il arrache ses victimes à un couvent ou à leur fiancé et viole ainsi les valeurs sacrées. Il voudrait même amener Sganarelle et le pauvre à renier leur foi.

Lorsque, par la personne du commandeur, Dieu se révèle comme il le lui a demandé, Dom Juan accepte le combat : le courage est un des traits de son caractère.

Comment interpréter ce dernier geste de Dom Juan ? Certains y ont lu une attitude suicidaire ; d'autres une aspiration à l'irrémédiable, la volonté de puissance poussée à son paroxysme ou encore la recherche désespérée de quelque chose de nouveau, lorsque tout le reste est épuisé. Enfin, on peut y voir l'accomplissement de son désir d'entendre enfin Dieu parler : certes la parole divine entraîne un châtiment inévitable, mais c'est la seule preuve décisive de l'existence de Dieu que Dom Juan souhaitait entendre.